Separador de Esferas Magnéticas para Extração de DNA: Um Guia Prático de Seleção

A maior parte do foco na extração de DNA está na química das esferas magnéticas. No entanto, o separador que contém os tubos também pode impactar a recuperação, pureza e consistência do operador.

Tempo de captura e consistência da zona de captura são fatores importantes de desempenho para um separador de esferas magnéticas que é necessário para imobilizar esferas ligadas ao DNA de forma eficiente sem comprometer a posição previsível de imobilização das esferas durante a aspiração. No caso de uma zona de captura fraca, irregular e/ou pouco visível, as esferas podem ser perdidas com o sobrenadante ou podem ser suspensas em um tampão de lavagem.

Como funciona a extração de DNA por conta magnética?

A extração de esferas magnéticas envolve o uso de partículas paramagnéticas que possuem superfícies que se ligam aos ácidos nucleicos sob condições químicas bem definidas. Após a lise, as condições de ligação apropriadas promovem a adsorção de ácidos nucleicos nas esferas magnéticas funcionalizadas.

O campo magnético exerce uma força sobre as esferas, levando-as até o fundo ou em direção à parede do vaso da amostra. O sobrenadante pode então ser removido por pipeteamento sem centrifugação. Antes que o DNA seja eluído para o tampão de elução, sais, proteínas e inibidores são lavados para fora dele por tampões de lavagem.

O separador não está envolvido na ligação química. O objetivo disso é imobilizar as esferas de forma confiável durante as etapas de separação e remoção de líquidos. O Rack magnético MSG de Longlight é um dispositivo de separação de tubos baseado em ímã permanente que separa ácidos nucleicos, proteínas e células.

Por que o Magnetic-Campo Design importante?

O desempenho de um separador não pode ser determinado apenas pela força do ímã. A distância entre o ímã e a amostra, o gradiente de campo magnético, a geometria do tubo e as propriedades das esferas afetam o comportamento de captura.

Um bom campo concentra as contas para formar uma área pequena e fácil de ver. Isso facilita a remoção do sobrenadante sem perturbar o pellet ao posicionar as pontas da pipeta.

Um padrão de captura muito agressivo ou irregular pode resultar em aglomerados compactos de miçangas, que não são fáceis de resuspender. Uma configuração ruim pode permitir que as contas fiquem penduradas por muito tempo. O objetivo ideal é separar rápido, completamente e de forma repetida, sem complicar o processo de mistura subsequente.

O que são Alguns Lugares onde o DNA pode ser perdido?

A perda mais frequente de contas ocorre quando o sobrenadante é removido e lavado. Se o pellet não for visível, a ponta da pipeta pode deslocá-lo e/ou sugá-lo.

O problema com o líquido restante é diferente. A remoção incompleta do tampão de lavagem pode levar à retenção de etanol, sais ou outros componentes, o que pode afetar reações de PCR, ligadura ou preparação de bibliotecas.

Também é importante não ressecar demais o produto. Secar demais as esferas após a lavagem final pode dificultar a suspensão e pode reduzir a eficiência da elução. A zona de captura transparente orienta o operador para a remoção correta e para o próximo passo no momento certo.

Qual é o Melhores Comparação para formato e volume de tubo?

O separador deve conter os vasos reais usados no protocolo. Estes geralmente se apresentam na forma de tubos PCR, tiras de 8 tubos, placas de 96 poços, tubos microcentrífugas de 1,5 mL ou 2,0 mL e tubos cônicos maiores.

A localização de um tubo dentro de um rack pode estar muito longe do ímã para outro formato. Um bom alinhamento é importante mesmo quando o tubo está fisicamente em condições de encaixar, pois um desalinhamento pode causar mais tempo de separação ou uma localização inconveniente dos pellets.

O volume de trabalho também é importante. A série MSG da Longlight inclui uma variedade de formatos de pequeno volume, que vão desde amostras de microlitros até 2 mL em diversos recipientes de PCR e tubos padrão de microcentrífuga.

Qual é o Certo Quantidade de throughput para ter?

Um laboratório de pesquisa que trabalha com algumas amostras pode querer um pequeno rack que seja altamente visível e com tubos de fácil acesso. O formato deve se adequar ao laboratório de diagnóstico ou sequenciamento, ao tamanho do lote e ao protocolo de pipetagem multicanal.

Não usar todas as posições não é necessariamente um problema, mas quando um protocolo de oito tubos é usado, podem ocorrer diferenças de tempo entre amostras quando aplicado a manuseio individual. A captura previsível de esferas em todas as posições é importante para maior rendimento, onde o espaçamento consistente dos tubos também é importante.

O portfólio de preparação de amostras NGS da Longlight abrange separação magnética, quantificação de DNA, fragmentação de DNA e eletroforese, proporcionando um fluxo de trabalho mais integrado para o preparo da amostra.

Lavagem – Como É para ser feito?

Depois que as contas se reunirem, coloque a ponta da pipeta do outro lado da esfera. Deixe o líquido ser removido lentamente para não arrancar nenhuma esfera do ímã.

Adicione o buffer de lavagem especificado seguindo o protocolo padronizado. Dependendo do fluxo de trabalho, a lavagem pode ser feita com o tubo no suporte ou as esferas precisam ser completamente suspensas entre as etapas de lavagem.

O método deve indicar se as esferas devem ser completamente dispersas em cada etapa. Contaminantes podem ficar presos em aglomerados se a ressuspensão não estiver completa, e podem causar maior variação no manuseio da amostra se a mistura for excessivamente agressiva.

Como é o DNA eluído Pelas contas?

Quando as lavagens finais e a secagem (controlada) estiverem concluídas, retire o recipiente do suporte magnético. Adicione o buffer de elução indicado e ressuspenda completamente as contas.

A recuperação do DNA pode ser afetada pela temperatura, volume de elução, mistura e tempo de incubação. Quando a elução terminar, o tubo retorne ao suporte magnético e espere até que as esferas estejam totalmente recapturadas e o sobrenadante esteja limpo antes de transferir o sobrenadante contendo o DNA.

A posição de eluação do pellet é de particular importância se for usada elução de baixo volume. Um pellet compacto, que fica mais distante da zona de aspiração, resulta em mais eluados recuperados, mas sem a transferência de contas.

Como pode Separador O desempenho deve ser medido?

Repita as extrações com a mesma amostra, química das contas e pessoa que faz a extração. Anote o tempo necessário para separação, visibilidade dos pellets, facilidade para remover o sobrenadante e facilidade para a resuspensão das contas.

Verifique a quantidade e qualidade do DNA, e também teste a aplicação para a qual você pretende usar o DNA. Mesmo que uma amostra tenha razões de absorção aceitáveis, ela ainda pode conter uma quantidade suficiente de inibidor para impactar a preparação em PCR ou biblioteca de sequenciamento.

Para múltiplos tubos e placas, a consistência entre posições é importante. Teste mais de um local de teste – comparando resultados próximos ao centro e nas bordas.

Quando é necessário um separador biomagnético maior?

Racks de tubos podem ser usados para aplicações diárias de microlitros a mililitros. A separação de centenas de mililitros ou alguns litros de reagentes, bioprocessamento ou fabricação pode ser necessária.

Não é como se um ímã maior fizesse diferença nessa ordem de escala. Diâmetro do vaso, mistura, distância de percurso da esfera, uniformidade do campo e monitoramento do processo são mais significativos.

Longlight's Separadores biomagnéticos, modelo MSG-250/MSG-1000 são úteis para escalar para separação de ácidos nucleicos, purificação de proteínas e outros processos em lote.

Lista de Verificação para Compradores.

Verifique o seguinte: tipos de tubos suportados, faixa de volume de trabalho, quantas posições e se é compatível com pipetas de canal único ou múltiplos. Observe a localização das esferas e se o pellet ainda é visível do ângulo normal de trabalho do operador.

Solicite "dados de separação" em formato de esferas e recipientes semelhantes ao seu protocolo. Além disso, considere as necessidades de limpeza, resistência química, estabilidade do suporte e facilidade de inserção e remoção do tubo sem movimentos bruscos.

Uma família de produtos que inclua vários volumes pode facilitar o treinamento do pessoal de laboratório e a transferência de métodos para laboratórios que utilizam múltiplos formatos de extração. Separação magnética e outros são da Longlight Soluções gerais de fluxo de trabalho laboratorial.

Conclusão

A precisão da remoção do líquido de lavagem e a quantidade de material que liga o DNA que permanece no tubo são diretamente influenciadas pelo separador de esferas magnéticas para extração de DNA. Um pellet visível e uma posição correta do tubo ajudam a alcançar uma recuperação maior e melhor repetibilidade com a captura de esferas Uniform.

O separador deve ser considerado em conjunto com a química da esfera, volume de amostras e técnica de manuseio de líquidos. Usuários do laboratório podem enviar por e-mail seu formato de tubo e tamanho do lote e/ou requisitos de volume de trabalho para o Longlight Página de contato Para combinar produtos.

FAQ

Q1. Um separador magnético liga o DNA diretamente ou se liga a alguma outra molécula que se liga ao DNA?

Não. As esferas são revestidas com uma química superficial que se liga ao DNA. O separador consegue reter essas esferas e extrair o líquido ao redor.

Q2. Existe um rack magnético para cada tipo de tubo?

Geralmente não. O volume de trabalho e a geometria do tubo devem ser verificados, pois o ajuste físico não significa necessariamente que a distância correta do ímã seja mantida.

Q3. Qual horário deve ser permitido para a separação magnética?

Depende dos atributos das contas, volume da amostra, viscosidade, formato do tubo e design do ímã. Execute o protocolo validado e espere até que o sobrenadante esteja limpo.

P4. Por que as contas magnéticas estão presentes no eluado final?

Pode ter perturbado o pellet durante a aspiração ou o tempo de limpeza curto demais. Coloque cuidadosamente o tubo de volta no ímã e transfira o sobrenadante novamente.

Q5. É possível extrair RNA usando separadores magnéticos?

Sim, com uma química adequada da esfera de ligação ao RNA e procedimento de extração. Ainda assim, o controle da RNase deve ser realizado.